Pondok Pesantren Bahrul Ulum (PPBU) didirikan sekitar pada tahun 1825 di dusun Gedang kelurahan Tambakberas. Oleh KH. Abdus Salam, Bersama pengikutnya ia kemudian membangun perkampungan santri dengan mendirikan sebuah langgar (mushalla) dan tempat pondokan sementara, buat 25 orang pengikutnya. Karena itu pondok pesantren juga dikenal pondok selawe (dua puluh lima) KH. Abdus Salam adalah seorang keturunan raja Brawijaya dari Majapahit sebagaimana silsilah berikut ini Abdussalam putra Abdul Jabbar putra Ahmad putra Pangeran Sumbu putra Pangeran Benowo putra jaka Tingkir (maskarebet) putra Lembu peteng Aqilah Brawijaya.
Nama KH. Abdus Salam kemudian lebih dikenal dengan nama Shoichah atau Kyai Shoichah kemudian beliau memperistri seorang putri dari kota Demak yaitu Muslimah. Dari pernikahanya beliau dikaruniai beberapa putra dan putri yaitu diantaranya yaitu Laiyyinah, Fatimah, Abu bakar, Murfu’ah, Jama’ah, Mustaharoh, Aly ma’un, Fatawi dan Abu Sakur. KH. Abdus Salam mempunyai beberapa santri. Dari santri-santri tersebut ada dua santri yang dijodohkan dengan putrinya yaitu Laiyyinah di jodohka dengan Ustman. Dari hasil pernikahanya beliau dikaruniai seorang putri bernama Winih (nama asalinya Halimah) dan Halimah dijodohkan dengan seorang santri yaitu As’ary dari Demak cikal bakal pendiri Pondok Pesantren Tebuireng. Sedangkan Fathimah dijodohka dengan Sa’id dari pernikahannya beliau di karuniai seorang putra yaitu Kasminah Chasbullah sebelum haji bernama Kasbi, Syafi’i sebelum haji bernama Kasdu, dan Asim sebelum haji bernama Kasmo.Setelah itu pondok nyelawe diteruskan oleh Kyai. Ustman. Dan Kyai. Sa’id mengembangkan sayap pendidikan pondok pesantren dengan mendirikan pondok pesantren disebelah barat dusun Gedang seelah mendapat izin dari ayah maratuanya, yang kini menjadi Pondok Pesantren Bahrul Ulum.
Setelah Kyai Ustman dan Kyai Sa’id, yang meneruskan kepemimpinan pondok pesantren adalah Chasbulloh putra Kyai Sa’id sedangkan Pondok Kyai Ustman dikarenakan beliau tidak mempunya putra sebagai penerus. Oleh sebab itu seluruh santri diboyong ke pondok barat dibawah asuhan Kyai. Chabulloh. Dalam mengembangkan Pondok Pesantren Kyai. Chabulloh ditemani seorang istri yang begitu sangat setia yaitu Nyai Latifah (asalnya A’isah) yang berasal dari desa Tawangsaari Sepanjang Sidoarjo. Pernikahan antara Kyai. Chabulloh dan Nyai Latifah dikaru
niaiputra-putri antara lain :
- Kyai Abdul Wahab yang berputra K.Wahib, Khodijah, K. Najib Adib, Jammiyyah, mu’tamaroh, Muniroh, Mahfudloh, Hisbiyah, Munjidah, Hasib dan Rokib.
- Kyai Abdul Hamid yang berputra K. Abdullah, K. Moh. Sholeh, K. Abdul malik, K. M. Yahya dan Hamidah.
- Nyai Khodijah, (nyai Bisry) berputra Achmad, Sholikhah, Musyarofah, Abdul Aziz, M. Shokhib.
- Kyai Abdurrahim berputra K. Ach. Al Fatich, Bariroh, K. Ach. Nasrullah, K. Amanullah, K. Khusnullah.
- Nyai Fatimah berputra Abdul Fattah, Mufattimah, Abdul Majid
- Sholihah tidak berputra
- Zuhriyah tidak berputra
- Aminaturrokhiyah tidak berputra
Tahun 1920 adalah dimana kyai Chasbulloh dipanggil ke hadapan sang kholiq (wafat) kemudian pimpinan pondok pesantren diteruskan oleh putra-putranya yaitu Kyai Abdul Wahab, Kyai Abdul Hamid, dan Kyai Abdurrohim.
Nama Bahrul Ulum itu tidak muncul saat KH. Abdus Salam mengasuh pesantren tersebut. Nama itu justru berasal dari K.H. Abdul Wahab Hasbullah. Ia memberikan nama resmi pesantren
pada tahun 1967. Beberapa tahun kemudian pendiri N.U ini pulang ke rahmatullah pada tanggal 29 Desember 1971. Mulai tahun 1987 kepemimpinan pondok pesantren dipegang secara kolektif oleh Dewan Pengasuh yang diketuai oleh K.H. M. Sholeh Abdul Hamid. Mereka juga mendirikan Yayasan Pondok Pesantren Bahrul Ulum yang diketuai oleh KH. Ahmad Fatih Abd. Rohim.Para kiai yang mengasuh PP Bahrul Ulum itu diantaranya, KH. M. Sholeh Abdul Hamid, K.H. Amanullah, K.H. Hasib Abd. Wahab, Dibawah kepemimpinan K H. M. Sholeh, PPBU mengalami perkembangan sangat pesat hingga muncul berbagai macam ribat atau komplek diataranya yaitu
Induk Al-Muhajirin I, II, III dan IV, Al-Muhajin putri I, II, III dan IV, As-Sa’idi
yah putra I, II dan III, As-Sa’idiyah putri, Al-Muhibbin, Ar-Roudloh, Al-Ghozali putra dan putri, Al-Hikmah, Al-wahabiyah I dan II, Al-Fathimiyah, Al-Lathifiyah I, II dan III, An-Najiyah putra dan putrid, Assalma, Al Fattah, Al Asyari,Komplek Chasbullah, Al Maliki, Al Hamidiyah.
Setelah wafatnya KH. M. Sholeh Abdul Hamid pada tahun 2006 majlis pengasuh diteruskan oleh KH. Amanullah Abdurrahim yang wafat pada tahun 2007 hinga pada saat ini yaitu tahun 2010 majelis pengasuh PPBU adalah KH. Hasib Abd. Wahab